药师佛手印：双手内缚，两食指并竖，手腕相距二至三寸，以两拇指弯曲交叉三次，内缚的左四指是众生的四大，右四指乃佛界的四大，一切病障源自四大不调，故以佛界的四大当作众生界的四大来调和之，以两拇指来回的弯曲交叉，把众生业、界四大的三病召入药壶中，成为理、智、教的三药；又内缚表月轮，二拇指为去二我，以此召请人法二空之义，此乃药师如来的根本印，又名为药师印。

南怀瑾：药师如来的手印，配合念药师如来名号或咒语，否则念起来不灵。以左右手(除大母指外的四指共)八指,右(手在左手指内侧)上押左相叉，入掌令合握拳，以二大指并平伸，押右头指侧中节上，勿使头屈。

吴信如: 内缚的左四指是众生的四大，右四指乃佛界的四大，一切病障源自四大不调，故以佛界的四大当作众生界的四大来调和之，以两拇指来回的弯曲交叉，把众生业、界四大的三病召入药壶中，成为理、智、教的三药；又内缚表月轮，二拇指为去二我，以此召请人法二空之义，此乃药师如来的根本印，又名为药师印。

以左膝托左手，掌心向上，右手同左手一般，重叠于左手之上，两拇指指端相拄。或有说定印上观药壶，药壶中纳十二大愿之妙药，来度脱众生。

秘笈：用要本印念药师咒(药师灌顶真言)。药师咒:南谟薄伽伐帝鞞杀社窭噜薜琉璃钵喇婆曷啰阇也呾他揭多也阿啰喝帝三藐三勃陀也 呾侄他 唵鞞杀逝鞞杀逝鞞杀社 三没揭帝莎诃

还有一个药师如来的一个根本咒，这个咒在药师经是没有的，但在经法的口头传授上有。这个咒语是这样念：“唵战驮祇里 莎诃”。我们在静坐修药师定的时候，或者做其他禅定，能够帮助我们入定的，就是念诵：“唵战驮祇里 莎诃”。这是我们结药师佛的根本印和药师佛定印时持的咒语。

手印不能随便结，一定要尊重，手一定要干净，因为一般要入了坛，经过灌顶才能结印。

南怀瑾：经典上有药师如来的咒语，念‘南无消灾延寿药师佛’或‘南无药师琉璃光如来’都可以，可是一定要结这个手印。诚诚恳恳地去祈求、去念。放掉手印要从头顶上散开。