佛性思想是慧能的基本思想，也是《坛经》的理论核心。所谓佛性，也意译为如来藏性、如来性、觉性等原指佛陀的本性，后来发展为众生觉悟之因，众生成佛的可能性，这是中国佛教界对佛性的最一般的理解。在《坛经》中，慧能有时将佛性称为性、心、心性、本性、自性、法性、真如等，这些词其义相同，都是指佛性。关于佛性首先他认为：
1、人人皆有佛性，皆可以成佛
慧能继承发扬了竺道生一阐提人皆得成佛的佛性理论，旗帜鲜明地宣扬人人皆有佛性，皆可以成佛的思想。这一思想在他第一次参见五祖弘忍时，就明确地表白出来了人虽有南北，佛性本无南北，猲獠身与和尚不同，佛性有何差别？这一番不同凡响的回答，强调了佛性人人具有，在成佛面前众生平等。此后慧能在说法中反复强调这一思想，在一部《坛经》中表达这一思想的论述也俯拾皆是。
2、自性本来清净
在慧能看来人人所本具有的自心、佛性是本来清净，纤尘不染，就象日月一样，永远明郎，只是由于妄念浮云之所覆盖，才遮盖了清净的本性。如他说：世人性本清净，万法从自性生，菩提自性本来清净，但用此心，直了成佛。这些都说明了自性是本来清净的。
3、自性本来具足，含藏一切万法
《坛经》中说：自性含万法，名为含藏识、自性能含万法是大，万法在诸人性中、三世诸佛、十二部经在人性中，本自具有。这些都说明我们的自心、自性是万物的本源，一切万法无非是自性中所现之物。所以他说：何期自性能生万法何期自性本来具足。
4、佛性不二
关于佛性，慧能还认为佛性真谛超越万法，不落有形，是非常非无常、非善非不善，即佛性是不二的。如他说：佛性是不二之法，《涅槃经》明其佛性不二之法，即此禅也。佛性非常，非无常佛性非善，非不善，是故不断，名为不二。又云：蕴之与界，凡夫见二，智者了达其性无二明与无明，凡夫见二，智者了达其性无二。无二之性即是实性，实性无二故知佛性是不二之法。在慧能看来佛性是不断不常、不来不去、不在中间及其内外，不生不灭、性相如如，常住不迁的。慧能这种佛性不二的思想，在整个佛教义学中占有重要的地位。在他看来，这是佛教心性学说的逻辑起点，只有理解和坚持佛性乃不二之性的原理，顿悟成佛的修行方法才打下了坚实的理论基石。
般若思想可以说是慧能禅法思想另一大理论来源。在《坛经》中慧能始终是以般若为方法，以如来藏佛性为目标，用般若的空观来破除烦恼的执著，以期达到明心见性的目的。
在《坛经》中慧能引用了《金刚经》、《文殊说般若经》、《维摩诘经》等般若系的经典，并且在第二〈般若品〉全品都是在谈摩诃般若波罗蜜的意义。在《坛经》中慧能非常重视《金刚经》。由于慧能对般若思想的重视，使得他的禅法既干脆、利落，不落阶渐，又活泼泼地充满生机。在《坛经》中慧能很多禅法理念都是建立在般若思想下。
1、般若三昧
关于般若三昧慧能在〈般若品〉中说：智慧观照，内外明彻，识自本心，若识本心，即本解脱，即是般若三昧。他又说：般若三昧即是无念，而所谓无念是见一切法心不染著，用即偏一切处，也不著一切处，但净本心，使六识出六门，于六尘中无染无杂，来去自由，通用无碍，即是般若三昧。看来他的般若三昧就是让人于一切时，一切处，用般若智慧观照，于一切法无取无著，如此来去自由，心体无滞即是般若三昧，在慧能看来若人能行此般若三昧，即能入甚深法界，甚至见诸佛境界，至佛地位。
2、一行三昧
一行三昧本是般若经中所说的18种三昧之一，在《放光般若经》、《摩诃般若波罗蜜经》中，都明确的说明了它的中道内涵。在《文殊说般若经》中言一行三昧法界一相，系缘法界，是名一行三昧。四祖道信据此就曾非常提倡一行三昧。而慧能则认为所谓一行三昧，是于一切时中行、住、坐、卧常行直心，他引用《维摩诘经》中所说直心是道场，直心是净土，来说明若但能行于直心，于一切法无有执著，就名为一行三昧。在这里慧能所说的直心，除了指无谄曲的心之外，还指离分别、妄想、执著的清净心，这个清净心也就是所谓应无所住，于相离相的般若心，用这颗无住、离相的般若心，任心自任，就是行直心，也就是般若三昧。所以慧能接下来说但能行直心，于一切法上无有执著，即名一行三昧。
3、一相三昧
所谓一相三昧出现在《坛经》付嘱品第十说：若欲成就种智，须达一相三昧、一行三昧。若于一切处而不住相，于彼相中不生憎爱，也无取舍，不念利益成坏等事，安闲恬静，虚融詹泊，此名一相三昧。可见一相三昧也是让修行人无住离相，如果能无住离相，自然能于一切法不取不著，不生憎爱，而能使心性达到安闲恬静，虚融詹泊的境界，这也就是一相三昧的境界。总的来说无论是一行三昧或是一相三昧都是让人无住离相，达到成就菩提妙果的境界。
慧能在继承从菩提达摩以来的重心性转变的禅法的基础上，形成自己独特的以识心见性为中心的禅法理论。这种禅法理论的基础就是大乘佛教的佛性论和般若中观学说。
慧能认为既然自心有佛，自性是佛，心、佛、众生三无差别，因此应自识本心，自见本性，如此识心见性，自修自悟，自成佛道。在慧能这里，识心主要有两层意思：一、是自识本心有佛，本心即佛，强调的是菩提只向心觅，何劳向外求玄。二、是由了知自心本来清净，万法尽在自心而自净其心，念念无著，还得本心。后世禅宗一般也用明心来表示上述二义。见性这个概念也有两层意思：一、是了悟、彻见之义，即自见自心真如本性，自见本性般若之知；二、是显现义，即通过净心、明心而使自心本性显现出来。识心即能见性，见性即成佛道。因此从根本上说，识心和见性是一回事，但在这里的识与见都不是一般意义上的知见，而是一种证悟，是佛教所特有的现观、亲证，它是不以任何语言概念或思维形式为中介的直观。在这种识与见中，没有识与被识，见与被见之区分，它是一种整体的圆融，、是自心、自性的自我观照、自我显现。
在《坛经》中慧能这种识心见性，自修自悟的思想也可谓是俯拾皆是。在〈忏悔品第六〉中，他所说的无相忏悔、传自性五分法身、自心四弘誓愿、自性三宝归戒，自性一体三身佛，这些他无不是从自心、自性来加以诠释、说明，让人自悟自修，回归本有的觉性。在他看来不识本心，学法无益， 众生各须自性自度，自修自悟，识心见性。
在中国禅学思想史上，慧能禅法承先启后、继往开来，使禅宗一脉别开生命。在继承前人思想及禅法的基础上，又自然地提出了他惊世骇俗的宣言：顿悟成佛。慧能禅法思想对后世影响最为深远的就是其顿悟成佛说。关于顿悟，慧能在《谈经》中有许多阐述，如他说：故知一切万法，尽在自身中，何不从于自心，顿悟真如本心。我于忍和尚处，一闻言下大悟，顿见真如本性。是故将此教法流传后代，令学道者顿悟菩提，令自本性顿悟。若悟无生顿法，见而方只在刹那，不悟顿教大乘，念佛往生路途。迷来经累劫，悟则刹那间。前念迷即凡，后念悟即佛。
何谓顿悟？所谓顿悟就是于瞬间领悟宇宙实相之理，而实相在众生身上即体现为佛性，众生佛性为烦恼所障而不为众生所见，一旦顿悟断惑，佛性便显现。因此，众生证悟实相也就是反归自身本性，这就是所谓的见性成佛。因此从宗教角度看，慧能顿悟是一种快捷简便的解脱论，通过瞬间觉悟，进入佛的境界，成就解脱；如果从哲学的角度看，慧能之顿悟论则又是一种强调直觉的认识论。这种认识论超越了世俗认识理论中的程式化语言以及记忆、想象、分析、推理、归纳等思维形式，而实现突发性的飞跃。但无论从宗教角度还是哲学角度而言，慧能的顿悟论所强调的只是要人返归到自己的内心世界，从人的生命主体的能动因素心性、觉性上寻找解脱的内在根据。以佛教根本教义为指导，在改变心理，转换观念的基础上使人的精神面貌产生升华与飞跃，这即是慧能顿悟成佛论的根本精神。慧能所谓顿悟成佛，虽然就是指于自心顿现真如佛性，瞬间觉悟，见性成佛，但他更认为所谓顿，乃至与之相应之渐，都是因人而言。并非是指佛法本身有顿渐之分，而之所以说顿说渐，是因为人们认识能力有差异，根性有差异。根性差的觉悟比较慢，需要渐次逼近佛性，而根性锐利的，则可以瞬间觉悟，不假阶渐。由此可见慧能的顿悟是建立在人性的差异之上的，只是因人之根机不同而立的假名施设。如他说：法无顿渐，人有利顿，迷人渐契，悟人顿修。
顿悟义虽非慧能始创，但慧能的顿悟说却有其独创之处。他的顿悟思想有以下一些特点：直指人心，顿悟本性；顿悟是识心见性的内省，是自心烦恼的顿除，自心佛性的顿现；顿悟是一念相应的瞬间，顿悟顿修，不落阶渐；顿悟是完全彻底的开悟，瞬间完成，完全觉悟，是瞬间实现的永恒；顿悟是自性自度的自主；顿悟是悟无所得，任性自然。
慧能的顿悟学说在中国佛教史乃至思想史上都具有重大的意义。首先慧能的顿悟是他将佛教禅学的中国化推向极至，以与印度禅根本区别的显著标志。其次慧能的顿悟禅开辟了一条简捷的成佛道路，在我国佛教史上掀开了崭新的一页。慧能的顿悟论在我国佛教史上是一个根本性的变革，具有重大的意义及深远的影响。
通过对《坛经》的研究，可以发现，慧能在《坛经》中除了大量引用《金刚经》、《般若经》、《涅槃经》、《菩萨戒经》、《观无量寿经》等大乘经典外，他还特别重视《维摩诘经》，在《坛经》中慧能引用此经计六例之多，原因是此经提出不二的观念，慧能受其不二思想的影响，在讲法时，大体上都是以不二法门作为中心思想，他的顿教禅法就正是建立在他所理解的无二之性即是实性、实性者即是佛性的思想基础上的。
所谓不二也就是无二，是《维摩诘经》等某些章节所提倡的大乘佛教的一种思维方法和修行原则。所谓二法是指生灭、垢净、善不善（恶）、断常以及生死与涅槃、烦恼与菩提之类，也称之为二边，指互相对立的两方（事物、概念）。而所谓入不二或不二是既不是此方，又不是彼方，如非空非有，非常非非常、非善非不善以及一相即是无相、色即是空、无明实性即是明、世间即是出世间等，都是入不二法门。不二法门微妙甚深，不二不等于二，也不等于一，但有一，一定是与二同在，有二一定不离一，此是真不二。此不二者乃是离四句，绝百非，而又即四句即百非。说似一物即不中，不说一物也不中，此即是般若性空、中道正见，是诸法实相。诸法实相不可说不可说，所以不二与中道、实相同义。在《坛经》中的佛性不二、定慧不二、动静不二、菩提与烦恼不二、众生与佛不二、世间与出世间不二，乃至临终时嘱咐弟子的三科三十对法等，都体现了慧能的不二思想。
不二思想可以说它是贯穿于慧能整个禅法之中的，它就像一把钥匙，如果不明了它，就不能把握慧能思想的纲骨，慧能很重视中道不二法门，它的顿门禅就顿在不二法门上，不二思想在慧能禅法中具有重大的意义。
在《坛经》〈定慧品第四〉中慧能曾说：我此法门，从上已来，先立无念为宗，无相为体，无住为本。这里宗、体、本，皆是心要之义，可见这三无思想在慧能禅法中的重要性。
所谓无相，即是于相而离相，因为凡所有相皆是虚妄，因此虽见闻觉知不染万境，更何况实相无相，性体清净，因此若能离一切诸法之相，则本具的法体自然清净，正如《金刚经》中曾说：离一切诸相，即名诸佛。无住，慧能说乃是人的本性，根据敦煌本《坛经》所说无住者，为人本性。念念不住，前念、今念、后念，念念相续，无有断绝，若一念断绝，法身即离色身。念念时中，于一切法上无住，一念若住，念念即住，名系缚，于一切法上念念不住，即无缚也，此是以无住为本。可见无住，是要人虽随顺念念迁流不息的心性，但念念时中于一切法上没有执著、取舍，自然任运，内外不住，去来自由，此即是无住；所谓无念，慧能说，于念而离念，于诸境上心不染著，称为无念。他还说，于自念上，常离诸境，不于境上生心，这就是无念。因此无念并非是让人百物不思，什么也不要想，什么也不要念，而强将一切念头予以断绝，他认为若真的一念断绝，就无异成为死人。无念之无，是无二相，无诸尘劳之心，也就是对一切万法没有分别取舍。念这是念真如之本性，此念乃是真如本性所发出的一种作用，此念与真如是一种体用的关系，所以他又说，真如是念之体，念即是真如之用。既是由真如自性所发出之念，因此念非同寻常之念，而是真心、真念。由此真如自性起念，六根虽有见闻觉知，却不染万境，而真性常自在，这就是无念。慧能的无念强调的是真如佛性的任运发挥，自然作用。在他看来若悟无念法者，能至佛位地，可见无念是一种很高的精神境界，可以说是与佛性相契合的一种境界。
总的来说无相所强调的是于相而离相，无住所强调的是于念而离念，无念则是真如自性的任运发挥、任运作用。这三无是相互关联的，其着眼点都在于直显心性，让修行者从无相、无住、无念中，顿见自己的真如本性，不假外修，而于自心常起正见，由此自性自得解脱，自得无碍大用。这三无思想体现了曹溪禅全新的禅法特色与修行观，在这三者中，无念又可以说是一个总概念，它不仅是指导坐禅的原则和方法，而且是修行者所要达到的最高境界。
关于无相戒在宗宝本坛经中虽然没有明确提到过，但结合敦煌本坛经来看，事实上宗宝本坛经忏悔品第六中所讲的内容主要就是无相戒的内容。在敦煌本坛经中，开篇就讲慧能在大梵寺为僧俗讲摩诃般若波罗蜜法，授无相戒。所谓无相戒，无相，即是让人于相而离相，因为凡所有相皆是虚妄，那么以无相为戒，即是让人在持戒时不要只执著戒律之相，而要内心清静，于相而离相，这才是大乘佛教上上乘的持戒。在佛教当中，戒可分为出家戒和在家戒，或分为声闻戒和菩萨戒。佛教导弟子通过持戒关闭一切诸恶趣门，而开起一切诸善之门，所以佛教的戒有一种防非止恶的功能，由戒而定，由定而慧，在佛教的三学中，戒又居于首要，可见戒律的重要性。慧能的无相戒据杨曾文教授说是属于与《梵网经》相关的一种大乘佛性戒，慧能在《坛经》中曾两次引用《菩萨戒经》也即《梵网经》云：戒本源自性清静，而这句话又出自于《梵网经》的菩萨心地品之下，中曰：吾（按：指佛）今当为此大众，重说无尽藏戒品。是一切众生戒，本源自性清静。《梵网经》属于大乘的菩萨戒，慧能所说的无相戒就是指经中所提到的佛性戒，这种戒是以佛性为戒体，故称为佛性戒。有关佛性戒，在记载北宗神秀禅法的《大乘无生方便门》中也有说：菩萨戒，是持心戒，以佛性为戒性。心瞥起，即违佛性，是破菩萨戒。护持心不起，即顺佛性，是持菩萨戒。杨教授认为，以佛性为戒体的这种戒，或名持心戒，大概是在道信和弘忍时就有了。慧能将这种思想继承和发展为无相戒，让人在修行持戒时一切立足于心上，强调持戒应该以自心为本。因为此心人人本具，无形无相，不可言说；本来清静，纤尘不染；本来具足一切万法，不假造作。所以修行者只要自识本心，自修自悟，还得本来清静之心，于相而离相，而不执著于戒律等种种之相，持而不持，不持而持，这样才是名为大乘菩萨之戒，也才是佛性戒，或名无相戒。由此可见，慧能的无相戒完全是落实在人的自心自性上，让修行者把向外的追求，转向为向内的自心证悟，从而走向内在的解脱超越之路。所以在《坛经》中，慧能还说：此事须从自性起，于一切时，念念自净其心，自修其行，见自己法身，见自心佛，自度自戒。让人于一切时，念念自净其心，自修自悟，识自本心，见自本性，这就是自度自戒。若果真还得本来清静之心，见自本性，则是心平何劳持戒，行直何用参禅了，若还得本来清静之心，还有什么戒律可持，还有什么禅可修？无时不刻都是清静、自在、解脱，这也许就是慧能无相戒的根本所在。
正因为慧能的无相戒是立足于自心、自性，所以在无相戒之后他所提出的皈依自三身佛、四宏誓愿、无相忏悔、自性三皈依戒等都应该是其无相戒的主要内容。它们也都是围绕着自心的觉悟而展开的，都不离自心、自性。慧能这种无相戒，强调戒应以心为本，这与他即心即佛、自修自悟、识心见性乃至于相而离相，无所执著的禅学思想特点是联系在一起的。无相戒也是慧能对传统戒法的继承和发展，体现了慧能独特的戒律观。
由于慧能提倡一行三昧，般若三昧，乃至无相、无住、无念，定慧不二等禅法主张，这就使得他的禅法范围扩大，更加生活化、简易化，成佛悟道就在日常行为日用当中，正所谓 行、住、坐、卧皆是禅，运水搬柴皆是道，而不必端身正坐、看心、看净了。在《坛经》中他对北宗神秀看心、看净，直坐不起的禅法提出批评，认为那是病而非禅。在〈坐禅品第五〉中慧能对于坐禅提出了他独到的观点，他很明确地说：此法门中，无障无碍，外于一切善恶境界，心念不起，名为坐。内见自性不动，名为禅。而所谓禅定，他说：外离相为禅，内不乱为定。外若著相，内心即乱。外若离相，心即不乱。本性自净自定，只为见境、思境即乱。若见诸境心不乱者，是真定也。由此可见慧能对坐禅和禅定作了新的解释。首先他说明什么是坐、禅，他认为于外境无念是名为坐，见本性不乱是名为禅。其次，他解释什么是禅、定，他认为对外境没有分别相，离一切相是名为禅，在内心不为外境所动，心不乱不动，这就名为定。修行者若能一切时，一切处都能做到如是无念、离相，心不为外境所乱，如如不起心，不动念，于一切不取不著，那么无论是行、住、坐、卧，便无不是禅，无不是定。因此所谓修行办道，所谓坐禅就在生活日用当中，不是偏重于枯坐冥想，而应活泼的修定，语默动静无不可修行入定。他把道法和凡夫生活日用之事，结合了起来，寄坐禅于日常生活中，由此使禅的观念扩大了，不拘形式，使得南宗禅活泼泼的充满了盎然生机。
所谓修行办道，坐禅就在生活日用当中，慧能据此进一步的提出若欲修行，在家也得不由在寺的主张，他把修行活动深入到世俗生活的每个角落，而不仅仅限于僧侣生活，从而使禅更趋平民化、世俗化。因此扩大了南宗禅传播的范围，影响也越来越大，正所谓凡言禅者皆本曹溪。
有关净土思想乃是大乘佛教的普遍思想，在大乘佛教认为十方世界皆有佛的净土。中国佛教比较推崇西方净土，认为只要具备信、愿、行三资粮，无论老少或善恶的人都可以称念阿弥陀佛的圣号往生西方净土。那么禅宗又是怎样看待往生西方净土的问题呢？在慧能看来他并不否认西方净土的存在，但他认为这是为下根人，不能了悟自性的人所开设的方便法门。对于上根利智的人来说，若识自本心，见自本性，使自心清净，则随其心净即国土净，后人将慧能这种思想称为唯心净土思想。在《坛经》〈疑问品第三〉中，慧能对韦刺史说：世尊在舍卫城中，说西方引化经文，分明去此不远。若论相说里数，有十万八千。即身中十恶八邪，便是说远。说远为其下根，说近为其上智。人有两种，法无两般。迷悟有殊，见有迟疾。迷人念佛求生于彼，悟人自净其心。所以佛言，随其心净，即佛土净。使君，东方人但心净即无罪，虽西方人，心不净也有愆。东方人造罪，念佛求生西方。西方人造罪，念佛求生何国？凡愚不了自性，不识身中净土，愿东愿西，悟人在处一般，所以佛言，随所住处恒安乐。又说：佛向性中作，莫向身外求。自性迷即是众生，自性觉即是佛。自心地上觉性如来，放大光明，外照六门清净，能破六欲诸天。自性内照，三毒即除，地狱等罪一时消灭，内外明彻，不异西方。不作此修，如何到彼。
总的来说，慧能所倡导的是唯心净土的思想，在他看来修行者应向自心见自性弥陀，心净即是国土净，无需向外别求成佛，别求净土。
禅宗一向标榜不立文字，教外别传。按照禅门的解释，不立文字的主要含义是指以心传心。当年释迦牟尼在灵山会上，以拈花微笑的方式，将正法眼藏，涅槃妙心，实相无相，微妙法门传授给摩诃迦叶，这被认为是禅宗不立文字，教外别传的开始。从历史上看，打出传佛心印的教外别传之旗号，是从东山法门开始的。而正式标榜不立文字则是慧能南宗的特色。慧能本人虽然并没有明确说过不立文字，但他的禅学思想和禅法要求都充分体现出了不立文字的基本精神。慧能的不立文字，主要是不执著文字，而并不是象有些人所渲染的那样完全不要文字。在《坛经付嘱品第十》中他就很明确的表明了自己对文字的观点。在他看来如果说不立文字，那么人就不应该要语言了，连话也不应该说。甚至口口声声所言不立文字，这个不立二字就属于文字。因此所言不立文字，是要人不要执著语言文字，望文生义。因为语言文字只是一种符号、工具、手段，只是用来指月的手指，并非月亮的本身。修行者应通过手指看月亮，而不能以指为月。更何况，佛法大义不可言说，超言绝虑，非语言文字所能及，因此不能执著于语言文字，而应得意忘言，去体认语言文字背后那超言绝虑的诸法实相，这才是禅宗所言不立文字的真意。
基于不立文字的真义，慧能对于读经也作了全新的解释。他从自性般若出发，认为三世诸佛，十二部经，也在人性中，本自具有，而自性起般若观照是不假文字，只要识心见性，去除执心，就能觉悟成佛，因此经典只是启发修行者开悟的外缘，关键还在于自悟。所以并不在于执著一部或几部经典，而是强调心悟。即使是读经，也应该是心转经文而不是被经文所转，正如他对法达所说：心迷《法华》转，心悟转《法华》。这些都说明，慧能并不是绝对地排斥经教，他只是强调应领宗得意，自性觉悟，而不能执著文字，更不能被文字相牵着鼻子走，也就是所谓应得意忘言、得鱼忘筌。慧能这种对待语言文字的态度，可以说是深受达摩藉教悟宗的影响，反对执著语言文字，强调不立文字，直契心性。